No contexto da Reforma Católica, promovida a partir do Concílio de Trento (1548-1564), foram criados os Cabidos (Senado ou Conselho dos Cónegos), que chegaram até aos nossos dias e que inicialmente viviam em ‘comunidade’, próximos da Catedral, para assistirem o Bispo, em diversas áreas e funções. Basicamente tinham como funções próprias: assistir o Bispo no governo da Diocese; zelar pela beleza e esplendor do Culto, especialmente na celebração da Missa, do canto e da oração do Ofício divino (o antigo Breviário, hoje adaptado e se chama Liturgia das Horas), no Coro da Capela-mor; substituir o Bispo, no período Sede vacante (Sé vaga, isto é, entre o falecimento do Bispo e a nomeação de um novo Bispo). Diocese, Bispo, Catedral e Cabido são inseparáveis.
É neste contexto histórico que é criado o Cabido da Sé de Portalegre. Pela Bula Pro excellenti apostolicae Sedis do Papa Paulo III (21 de Agosto de 1549), foi criada a Diocese de Portalegre. Por esta mesma Bula foi nomeado o nosso primeiro bispo, D. Julião d’Alva, a quem pelo mesmo documento papal são concedidas as faculdades necessárias para instituir o Cabido da nova Diocese. Ao Cabido criado por D. Julião por Carta de 25 de Setembro de 1556 (instituição, ereição e declaração dos Dignidades, Conezias, Benefícios e Ofícios da Sé) deu os respectivos Estatutos, em 25 de Julho de 1559, e o Regimento da igreja, coro e Sé, em 01 de Maio de 1560. Os Dignidades são cinco: Deão, Chantre, Mestre-Escola, Arcediago e Tesoureiro. Os Estatutos são 25. O Regimento pormenoriza como devem ser celebrados os Ofícios Divinos.
De entre os membros do Cabido da Sé de Portalegre, como acontecia habitualmente nas outras dioceses, escolhia o Bispo os seus Provisores, os Visitadores das paróquias, os Promotores da Justiça, os Orientadores dos Sínodos Diocesanos, os Oficiais do Tribunal Eclesiástico, os Professores das aulas de Teologia, no Seminário, para a formação dos novos Padres, e também os que ensinavam música e gramática aos adolescentes e jovens que intervinham no Coro da Catedral.
Após a revolução liberal, a Diocese, Sede Vacante, foi governada por três Vigários Capitulares (1833-1844) e por nove Vigários Gerais – todos membros do Cabido da Sé (1844-1884). Desde então, o Cabido, embora renovado sucessivamente, sobretudo ao tempo de D. Agostinho de Moura (1953-1978), e após a publicação do novo Código de Direito Canónico (1983), foi vendo reduzidas as suas funções originais. Um factor condicionou o exercício das funções originais: Alguns Cónegos Capitulares nomeados não viviam na proximidade do Bispo, na prática na sede do Bispado, mas eram encarregados da acção pastoral em paróquias distantes de Portalegre.
Um dos frutos da acção do Cabido que permanece valioso para a história da Diocese e do próprio Cabido é o espólio documental arquivado – livros e documentos – quer do Cabido da Sé de Portalegre, quer do Cabido da Sé de Elvas. Este espólio foi devidamente inventariado e classificado entre 2011 e 2014, com a colaboração do CIDEHUS, da Universidade de Évora.
Actualmente, o Cabido da Sé conta apenas com dois Cónegos Capitulares (Jubilados vivem ainda cinco), um Cónego Honorário, e três Cónegos Honorários jubilados.
Os Estatutos originais foram actualizados e muito reduzidos, devido às condições do tempo, em 29 de Novembro de 1952, e, segundo o espírito do II Concílio do Vaticano (1962-1965), D. Augusto César aprovou novos Estatutos em 17 de Novembro de 1991.
Para a história antiga do Cabido, é de útil consulta o livro do Cón. Anacleto Pires da Silva Martins, O Cabido da Sé de Portalegre. Achegas para a sua história, Portalegre, 1997.